石阡古稱山國(guó)，歷史悠久，建置較早。秦贏政二十八年（公元前219年），置夜郎縣于今縣境西部，屬象郡。元世祖至元年間（1264年---1294年），置石阡軍民長(zhǎng)官司于今治所。明永樂十一年（1413年），置石阡府，分轄龍泉縣及石阡、苗民、葛彰葛商3個(gè)長(zhǎng)官司。清順治十六年（1659年），仍領(lǐng)上述1縣（龍泉縣）3長(zhǎng)官司?？滴醵辏?663年）廢葛彰葛商長(zhǎng)官司。乾隆七年三月（1742年5月），石阡府分設(shè)7里，即江外迎仙里、江內(nèi)迎仙里、水東里、苗民里、在城里、苗半里、龍底里。直至清末，石阡府直隸于省，仍領(lǐng)龍泉縣。

1911年，辛亥革命爆發(fā)，中華民國(guó)建立，初沿襲清制。民國(guó)2年（1913年），貴州設(shè)立都督府和行政公署，實(shí)行軍民分治。石阡改府為縣，設(shè)立縣公署，縣官稱知事。龍泉縣另設(shè)（今鳳岡縣）民國(guó)5年（1916年）縣公署知事將全縣劃分為6個(gè)區(qū)，即城區(qū)、小雞公、本莊、王家寨、龍洞、大地方。第二年，調(diào)整行政區(qū)劃，全縣分為10個(gè)區(qū)，即增設(shè)石家場(chǎng)、葛榮場(chǎng)、白沙場(chǎng)、龍?zhí)翀?chǎng)。民國(guó)16年（1927年）國(guó)民政府下令改縣公署為縣政府，縣知事稱縣長(zhǎng)，石阡縣為二等縣。民國(guó)24年（1935年），國(guó)民黨改組貴州省政府，實(shí)行行政督察區(qū)，石阡劃歸銅仁行政督察區(qū)。民國(guó)27年（1938年），重新調(diào)整行政區(qū)域，石阡劃分五個(gè)區(qū)，即泗王廟、石家場(chǎng)、大地方、本莊場(chǎng)、龍洞場(chǎng)。民國(guó)32年（1943年），石阡實(shí)行新縣制，設(shè)置鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲。全縣共置18鄉(xiāng)鎮(zhèn)，164保，1618甲。18鄉(xiāng)鎮(zhèn)即：湯山鎮(zhèn)、花橋鄉(xiāng)、楓香鄉(xiāng)、中魁鄉(xiāng)、永盤鄉(xiāng)、龍川鄉(xiāng)、甘溪鄉(xiāng)、國(guó)榮鄉(xiāng)、聚鳳鄉(xiāng)、樂回鄉(xiāng)、莊樂鄉(xiāng)、白沙鄉(xiāng)、大新鄉(xiāng)、和平鄉(xiāng)、石固鄉(xiāng)、青陽鄉(xiāng)、五德鄉(xiāng)、坪山鄉(xiāng)。

1949年10月1日，中華人民共和國(guó)成立，11月15日，石阡解放，全縣人民獲得了新生。1950年2月8日，石阡縣人民政府成立，隨即將民國(guó)時(shí)期18鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃為3個(gè)區(qū)分轄，設(shè)立區(qū)公所。7月，改置3區(qū)為6區(qū)1鎮(zhèn)。1951年2月，改置湯山鎮(zhèn)為城關(guān)區(qū)，同年將區(qū)公所改稱為區(qū)人民政府。1953年，縮小鄉(xiāng)、村行政管理范圍，將全縣劃為80鄉(xiāng)1鎮(zhèn)，區(qū)治不變。1954年7月1日，縣轄各區(qū)分別第一（龍?zhí)粒?、第二（花橋）、第三（五德）、第四（中壩）、第五（白沙）、第六（本莊）、第七（城關(guān)）區(qū)公所。1955年4月8日，縣人民政府稱縣人民委員會(huì)。同月，各區(qū)將所在地治所改為區(qū)公所名稱。1956年1月，中共石阡縣第五次黨代會(huì)作出決定，進(jìn)行并鄉(xiāng)工作，將82鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）調(diào)整為44鄉(xiāng)1鎮(zhèn)（城關(guān)鎮(zhèn)）。1961年撤區(qū)并社，將7個(gè)區(qū)改為區(qū)級(jí)人民公社，45鄉(xiāng)鎮(zhèn)為管理區(qū)。1962年恢復(fù)區(qū)的設(shè)置，設(shè)6個(gè)區(qū)調(diào)整公社為27個(gè)。1963年，恢復(fù)7個(gè)區(qū)治，將27個(gè)公社增至43個(gè)。1967年3月29日，石阡開始“文化大革命”。4月2日，“石阡縣革命委員會(huì)”成立，各區(qū)社相繼成立“革命委員會(huì)”。1981年，根據(jù)中華人民共和國(guó)第五屆人民代表大會(huì)通過的《中華人民共和國(guó)憲法》第59條規(guī)定，撤銷縣、區(qū)、公社“革命委員會(huì)”，縣稱縣人民政府，區(qū)稱區(qū)公所，公社稱管理委員會(huì)。1984年，根據(jù)貴州省委、省人民政府《貫徹執(zhí)行中共中央國(guó)務(wù)院（關(guān)于實(shí)行黨政分開，建立鄉(xiāng)人民政府的通知）的意見》，縣政府所轄43個(gè)公社管理委員會(huì)改為鄉(xiāng)人民政府，生產(chǎn)大隊(duì)和生產(chǎn)隊(duì)，相應(yīng)改為行政村和村民組。1992年，全縣實(shí)施撤區(qū)并鄉(xiāng)建鎮(zhèn)工作將原7個(gè)區(qū)43個(gè)鄉(xiāng)調(diào)整為18個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)（其中：9個(gè)民族鄉(xiāng)），即：龍?zhí)伶?zhèn)、龍井鄉(xiāng)、花橋鎮(zhèn)、坪地場(chǎng)鄉(xiāng)、石固鄉(xiāng)、五德鎮(zhèn)、楓香鄉(xiāng)、青陽鄉(xiāng)、中壩鄉(xiāng)、甘溪鄉(xiāng)、坪山鄉(xiāng)、白沙鎮(zhèn)、聚鳳鄉(xiāng)、本莊鎮(zhèn)、河壩場(chǎng)鄉(xiāng)、湯山鎮(zhèn)、大沙壩鄉(xiāng)。2004年，為加強(qiáng)區(qū)域經(jīng)濟(jì)活動(dòng)，加快農(nóng)村經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)速度，實(shí)施撤小村并大村工作，將原304個(gè)行政村調(diào)整為87個(gè)行政村。

現(xiàn)全縣共轄18個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)，5個(gè)居委會(huì)，87個(gè)行政村，39.08萬人正沿著縣委、縣政府制定的“三縣”建設(shè)目標(biāo)，奮勇前進(jìn)。